Transformasi STAKN Manado menjadi IAKN Manado didasarkan pada Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 2018 tentang Institut Agama Kristen Negeri Manado (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2018 Nomor 21). Sebagai unsur pelaksana sistem penjaminan mutu perguruan tinggi maka Lembaga Penjaminan Mutu IAKN Manado bertujuan memenuhi standar mutu secara nasional. PMA Nomor 17 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAKN Manado pasal 55 menyebutkan bahwa Lembaga Penjaminan Mutu sebagaimana dimaksud dalam pasal 47 huruf b mempunyai tugas mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai dan mengembangkan mutu penyelenggaraan penyelenggaraan kegiatan akademik. Pasal 56 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam pasal 55 LPM menyelenggarakan fungsi : 

1. pelaksanaan penyusunan rencana, evaluasi program dan  anggaran, serta pelaporan; 
2. pelaksanaan pengembangan mutu akademik;
3. pelaksanaan audit, pemantauan dan penilaian mutu akademik; dan 
4. pelaksanaan administrasi lembaga. 

Pasal 57 LPM sebagaimana dimaksud dalam pasal 47 huruf b terdiri atas : Ketua, Sekretaris, Pusat dan Subbagian Tata Usaha. 

Ketua sebagaimana dimaksud dalam pasal 57 huruf a mempunyai tugas membangun sistem penjaminan mutu internal institut sebagaimana dimaksud dalam pasal 55 dan pasal 56 berdasarkan kebijakan Rektor. 

Pasal 59 Sekretaris sebagaimana dimaksud dalam pasal 57 huruf b mempunyai tugas memberikan dukungan administrasi, evaluasi, dan pelaporan sesuai dengan kebijakan ketua. 

Pasal 60 (1) Pusat sebagaimana dimaksud dalam pasal 57 huruf c mempunyai tugas melaksanakan penjaminan mutu internal institut. (2) Dalam menyelenggarakan kegiatan sebagaimana dimaksud pada ayat (1), rektor dapat menunjuk dosen atau tenaga fungsional lainnya sebagai koordinator. (3) Pembentukan dan penutupan pusat dilakukan oleh rektor sesuai dengan kebutuhan. 

Pasal 61 Subbagian tata usaha sebaimana dimaksud dalam pasal 57 huruf d mempunyai tugas melakukan layanan administrasi, perencanaan, keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, dan kerumahtanggaan pada LPM. 

Tahun 2022 dengan terbitnya Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2022 tentang perubahan atas Peraturan Menteri Agama Nomor 17 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Kristen Negeri Manado, maka LPM sebagaimana dimaksud dalam pasal 55 terdiri atas : Ketua, Sekretaris, Pusat dan Kelompok Jabatan Fungsional. Keputusan Rektor IAKN Manado Nomor 1623 Tahun 2023 tentang Mengangkat Jabatan Pelaksana Tugas Kepala Pusat Data dan Dokumen.